Nationalt Center for Fødevarer og Jordbrug indgår i et tæt samarbejde med institutter på jordbrugs- og fødevareområdet ved AU med henblik på at levere forskningsbaseret rådgivning og kommunikation på et højt niveau til myndigheder, erhverv og offentligheden.

Følgende institutter ved Aarhus Universitet beskæftiger sig helt eller delvist med jordbrugs- og fødevareområdet i deres forskning:

Institut for Husdyrvidenskab - består af enheder fra det tidligere Institut for Husdyrbiologi og -sundhed og Institut for Genetik og Bioteknologi

Institut for Agroøkologi - består af enheder fra det tidligere Institut for Jordbrugsproduktion og Miljø, Institut for Genetik og Bioteknologi og Institut for Plantebeskyttelse og Skadedyr

Institut for Fødevarer - består af enheder fra det tidligere Institut for Havebrugsproduktion og Institut for Fødevarekvalitet

Institut for Molekylær Biologi og Genetik - består af enheder fra det tidligere Molekylærbiologisk Institut og Institut for Genetik og Bioteknologi

Institut for Ingeniørvidenskab - består af enheder fra det tidligere Institut for Biosystemteknologi og Aarhus School of Engineering