Instituttet har en lang tradition for at anvende mange forskellige faciliteter i forskningen. Faciliteterne spænder bredt fra laboratorier og klimakamre over forsøgsstationer og studielandbrug til IT og GIS-laboratorium til facilitering af regionale analyser, telemåling og forskning i benyttelsen af satellitbilleder og digitale databaser, som dækker hele Danmark. DJFs fusion med AU betyder, at undervisningen fremover bliver langt mere fremtrædende. Ved årsskiftet 2008/09 blev forsøgsstationerne Foulumgård, Askov og Jyndevad indfusioneret i JPM. Endvidere har der i forbindelse med strukturændringer i DJF også vist sig et særligt behov for at modernisere og tilpasse forskningsfaciliteterne, så de er mere tidssvarende og opfylder nye krav til forskningen.